Wydajny i trwały, chłodzony powietrzem silnik Super Cub 125 o pojemności 124 cm3 łączy w sobie dolną część (z przeprojektowaną skrzynią korbową) obecnego na rynku japońskim modelu C110 wyposażonego w dwuzaworową głowicę cylindra SOHC, z głowicą z najnowszego silnika modelu MSX Grom. Średnica cylindra i skok tłoka wynoszą 50 x 63,1 mm, a stopień sprężania, to 10,0:1. Moc maksymalna 9,8 KM (7,2 kW), wzrost o 0,1 kW, osiągana jest przy 7 500 obr./min., a maksymalny moment obrotowy wynosi 10,4 Nm przy 6 250 obr./min.
Airbox o bardziej wyrównanym przepływie powietrza przekonstruowano tak, by pasował do nowego silnika. Jest mniejszy, niż poprzednio, ale w połączeniu z nowym kanałem powietrznym i nowym położeniem wtryskiwaczy pozwala na uzyskanie przyjaźniejszej charakterystyki silnika.
Strumień powietrza, przepływający przez airbox połączony z wtryskiwaczem, poprawia właściwości jezdne. Wygląd zewnętrzny tłumika stanowi jeden z wielu elementów „mitologii” Super Cuba. Znajduje się w nim pojedynczy, ulepszony katalizator. Nowe ustawienia ECU i dodanie czujnika OBD2-2 zapewniają zgodność z normą EURO5+.
Skrzynia biegów jest 4-biegowa (z biegiem jałowym na dole) i zgodnie z tradycją Super Cub, zmiany biegów odbywają się z pomocą automatycznego sprzęgła odśrodkowego, bez potrzeby stosowania dźwigni sprzęgła. Podczas postoju kierowca po prostu wybiera bieg za pomocą lewej dźwigni nożnej, a gdy otwiera przepustnicę, sprzęgło wykonuje swoją pracę automatycznie i robi tak przy każdej zmianie przełożenia, w górę lub w dół. Przełożenie końcowe wynosi 2,50, z zębatką przednią 14T i zębatką tylną 35T. Przekładnia główna o zębach skośnych redukuje hałasy mechaniczne, podczas gdy generator prądu przemiennego (ACG) dostarcza energię elektryczną do układu.
Silnik Super Cub C125 niezwykle oszczędnie gospodaruje paliwem, zużywając 1,5 l/100km (tryb WMTC), co pozwala na przejechanie około 250 km po zatankowaniu do pełna zbiornika o pojemności 3,7 litra.